Ernst Kohlschütter (* 11. Juli 1870 in Halle (Saale); † 18. Oktober 1942 in Potsdam) war ein deutscher Astronom, Geophysiker, Geodät und Nautiker.
Kohlschütter war der Sohn von Ernst Kohlschütter in dessen zweiter Ehe mit Elise Klincke († 1870). Er studierte ab 1890 Physik, Mathematik und Astronomie in Halle, Straßburg, Kiel und Paris und wurde 1896 bei F. Krüger in Kiel promoviert mit einer Dissertation über die Bahn des Kometen von 1892. Danach war er bei der Preußischen Akademie der Wissenschaften zunächst Assistent und ab 1898 Astronom. 1898 bis 1900 war er im Deutschen Schutzgebiet in Ostafrika mit Vermessungsarbeiten betraut (Vermessung der Grenze zu Britisch-Zentralafrika in einer deutsch-britischen-Kommission). Außerdem führte er im Auftrag der Göttinger Akademie der Wissenschaften Schweremessungen mit Pendeln (Ostafrikanische Pendelexpedition) durch und entdeckte große negative Anomalien.
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