Nach dem politischen Umbruch begann auch in Prenzlau eine neue Diskussion darüber, wie die Innenstadt gestaltet werden sollte. Die Meinungen gingen weit aus einander. Während einige den kompletten Rückbau und die Wiederherstellung eines „historischen“ Zentrums anstrebten, waren andere der Meinung, dass die Plattenbauten zu sanieren wären. Deutlich wurde in diesen Jahren, dass neue Planungen nur unter Einbeziehung der Prenzlauer Bürger geschehen sollten.
Ab 2005 nahmen die Auseinandersetzungen über die Bebauung des Marktberges an der Marienkirche an Schärfe zu. Als Alternativen wurden der Bau eines „Marktberg-Centers“ und der Wiederaufbau des historischen Rathauses diskutiert. Der Verein „Wiederaufbau des historischen Rathauses Prenzlau e. V.“ hoffte auf Impulse wie sie die Dresdner durch den Aufbau der Frauenkirche erreicht hatten. 2007 wurden die in der Endphase der DDR errichteten Plattenbauten abgerissen – ohne dass schon feststand, was an ihrer Stelle entstehen sollte. Die Stadt hielt lange an ihren Planungen fest, ein Einkaufscenter am Marktberg einzurichten. Der Widerstand gegen diese Pläne richtete sich weniger gegen das Erscheinungsbild des Centers als gegen die Idee, damit einem Investor die Gestaltungshoheit zu geben. Die Initiativgruppe „Keine großflächige Marktbergbebauung“ sammelte ab September 2007 Stimmen für ein Bürgerbegehren. Mit Erfolg: Fast 85 Prozent der Prenzlauer stimmten Anfang März 2008 gegen die Pläne der Stadtführung.
